劉婷(2002)等認(rèn)為:細(xì)菌是中溫階段的主要作用菌群，對發(fā)酵升溫起主要作用；放線菌是高溫階段的主要作用菌群；芽孢桿菌、鏈霉菌、小多孢菌和高溫放線菌是堆肥過程中的優(yōu)勢種。馮明謙(1999)等認(rèn)為:高溫好氧堆肥能殺滅大多數(shù)的細(xì)菌，細(xì)菌和霉菌是堆肥的優(yōu)勢類群，其中芽胞桿菌和曲霉菌是堆肥的優(yōu)勢種。劉玉珠(2002)認(rèn)為:隨時間的進(jìn)展，細(xì)菌逐漸減少，放線菌逐漸增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期顯著減少。
官家發(fā)認(rèn)為堆肥過程中微生物的變化為:在堆肥初期，微生物繁殖旺盛，分解有機物(如蛋白質(zhì)、淀粉類物質(zhì)、簡單的糖類等)的微生物以中溫好氣性種類為土，常見的有細(xì)菌和絲狀真菌；當(dāng)堆肥的溫度超過50℃以后，通常被稱為進(jìn)入高溫階段，這一階段中，除少部分殘留下來的和新形成的水溶性有機物繼續(xù)分解轉(zhuǎn)化外，復(fù)雜的有機物，如半纖維素、纖維素等開始遭到強烈的分解，同時開始了腐殖質(zhì)的形成過程，出現(xiàn)了能溶解于弱堿的黑色物質(zhì)。‘這一階段中以高溫微生物最為活躍，常見的有好熱真菌，如Thennomyces；好熱放線菌，如A.thermofuscus，A.thermooidiosporus、等。這兩類菌中，放線菌占優(yōu)勢。當(dāng)溫度上升到60℃以上時，好熱絲狀真菌幾乎全部停止了活動，好熱放線菌和芽抱桿菌的活動占了優(yōu)勢。到了70℃以上，只有好熱芽抱桿菌在活動(官家發(fā)，2000)。
很多的好熱微生物，包括細(xì)菌，放線菌和絲狀真菌，是分解纖維素和果膠類物質(zhì)能力很強的微生物。因此，在高溫階段，纖維素、果膠類物質(zhì)等旺盛分解，同時產(chǎn)生腐殖質(zhì)。溫度上升到70℃以上，大多數(shù)的好熱性微生物也不適宜了，微生物大量死亡或進(jìn)入休眠狀態(tài)。這時，由于己死亡的微生物所含有的各種酶的作用，有機物質(zhì)的腐解作用仍能進(jìn)行一段時間，但由于酶蛋白不能自我繁殖(Rowan等，2003)，所以對有機物的腐解作用很快就衰退了，溫度開始下降。當(dāng)下降到適當(dāng)溫度時，處于休眠的好熱微生物又恢復(fù)了它們的生命活動，堆肥的溫度又會再次上升。
席北斗等人的研究表明:堆肥初期接種高效復(fù)合微生物菌群，使堆料中含有大量細(xì)菌，微生物分解有機質(zhì)使堆溫上升，常溫菌數(shù)隨之增長，當(dāng)溫度上升到40℃左右，常溫菌受到抑制，總菌數(shù)有所下降，嗜溫細(xì)菌此時慢慢增長繁殖，細(xì)菌總數(shù)慢慢增長，當(dāng)溫度在55℃一60℃，嗜溫菌受到抑制，嗜熱菌開始活躍，當(dāng)溫度大于60℃，嗜熱菌部分死亡或休眠，細(xì)菌總數(shù)和堆肥溫度均開始下降。由此可見，高效復(fù)合微生物菌群形成了一個復(fù)雜而穩(wěn)定的生態(tài)平衡系統(tǒng)，增強了微生物對新環(huán)境的適應(yīng)能力；因此在整個堆肥過程中，細(xì)菌總數(shù)可保持相對穩(wěn)定，能快速完成整個堆肥過程(席北斗，200l)。
國外有學(xué)者曾對堆肥中的微生物如耐熱菌的特性、數(shù)量變化和菌種等作了研究(陳林根，姜雪芳，1997)。陳世和等(1989)對垃圾堆肥的微生物類群進(jìn)行了分離鑒定，并測定了微生物的酶活性。席北斗等(2002)對在堆肥過程中較難生物降解的纖維素和木質(zhì)素進(jìn)行了研究，結(jié)果表明:對纖維素和木質(zhì)素有降解能力的微生物土要是高溫放線菌和高溫真菌，其中有獨特降解機制的白腐菌在木質(zhì)素降解中起著重要作用。
但總體上，這方面的研究還不夠系統(tǒng)和深入，尤其是國內(nèi)研究!_作的深度還遠(yuǎn)不夠。
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